Eddig csak megvonták a vállukat az emberek az írás felett
A különös, idegen írásjelek csoportjai olvashatóvá váltak, így a kézirattal foglalkozó történészek kijelentették: ez a legfontosabb adaléka az államalapítóval kapcsolatos kutatásoknak. Williamset elsősorban azért tisztelik széles körben, mert egyik első szószólója volt az állam és az egyház szétválasztásának, amely elv később fontos princípiumává vált az amerikai alkotmányt módosító tízpontos Bill of Rightsnak. A kódolt írás egy, az egyetem John Carter Brown könyvtárában található kötet margóin látható.

Az An Essay Towards the Reconciling of Differences Among Christians (A keresztények közötti különbözőségek megbékítéséről szóló értekezés) című könyvet az 1800 években szerezték meg, benne kézírásos jegyzetekkel, amelyekről később kiderítették, hogy Williams tollából származnak - habár ez kezdetben nem volt még bizonyos.Az egyetemi kutatócsoport, köztük Edward Widmer, a könyvtár volt igazgatója, Williams-szakértő, valamint J. Stanley Lemons, a Rhode Island főiskola professzor emeritusa kezdte el a munkát a "titkok könyvével" néhány évvel ezelőtt. De a munka igazán csak ebben az évben indult el, amikor az egyetem megnyitotta a kutatás lehetőségét a hallgatók között is."Soha senki nem nézett ilyen szisztematikus módon a kéziratra emberöltők óta. Azt hiszem, az emberek eddig valószínűleg csak belepillantottak és megvonták a vállukat" - mondta Widmer.

Matekszakos hallgató kódolt
Lucas Mason-Brown végzős matematika szakos hallgató, aki a dekódolási munka javát végezte, azt mondta, első megérzése alapján statisztikai eszközt alkotott. A 21 éves fiatalember gyakoriságelemzésnek vetette alá a szöveget. Megfigyelte az egyes karakterek, illetve bizonyos karaktercsoportok megjelenésének gyakoriságát, ennek ellenére kezdetben ez a módszer nem bizonyult túlságosan ígéretesnek.Később revideálta a módszert, miután megtudta, hogy Williams korábban Londonban bírósági gyorsíróként dolgozott, és később megalkotta saját sztenográfiai rendszerét is. Ekkor már képes volt egy durva kulcsot alkotni a dekódoláshoz.

A Williams-rendszer 28 szimbólumból áll, amely az angol ábécé betűit, illetve kiejtett hangjait helyettesítik. Elrendezésük sorrendje a jelentés értelme: bizonyos módon rendezve őket egy adott szót kapunk, más sorrendben pedig egy másikat. Mint azt Mason-Brown megjegyezte, a nehézséget az okozta, hogy Williams írás közben gyakran improvizált, viszont néhány részletet már megértett a jegyzetekből.Ennek alapján megállapítható volt, hogy a szöveg három részre tagolódik. Két rész Williams más könyvekhez - egy 17. századi földrajzi tárgyú íráshoz és egy orvosi szöveghez - írt megjegyzéseit tartalmazza, a mintegy húszoldanyi harmadik, egyben legérdekesebb részben pedig Williams saját gondolatai olvashatók egy teológiai kérdésről, a csecsemők megkereszteléséről. Az államalapító foglalkozik ezen felül az őslakosok megtérítésének problémájával, utalván arra, hogy azt árulással és erőszakkal valósították meg. A történészek szerint a napvilágra került szöveg azért fontos, mert egyike Williams utolsó munkáinak, 1679 után, életének utolsó négy éve során keletkezhetett.