Az intézményrendszert ismerő forrásaink szerint a hivatalosan a fejlesztéspolitika és a szakpolitika összhangjának megteremtését célul kitűző intézkedés egyik oka, hogy az NFÜ több kormányzati elképzeléssel kapcsolatban is hangot adott aggályainak. Nem könnyű feladat ugyanis a brüsszeli elvárásoknak mindenben megfelelni, összetett és bonyolult folyamat a közösségi források lehívásának lebonyolítása. És amit hazai politikusok gyakran hajlamosak elfelejteni: azzal, hogy egy projekt uniós beruházásból megvalósult, még messze nem zárult le: három-öt éves fenntartási időszak van, amiről jelentéseket kell készíteni, és számos utóellenőrzést is végeznek az akár már átadott projekteken. Nem ritka eset, hogy az Európai Bizottság ellenőrei már megvalósult projektnél úgy gondolják, hogy a közbeszerzés nem volt megfelelő, nem a pályázatban megálmodott fejlesztés valósult meg, és súlyos milliárdokat kell visszafizetni. Amikor a minisztériumok alatt vannak az egyes operatív programok, akkor viszont a nem elszámolható pótmunkákra, egyéb tevékenységekre is könnyebben megadhatják az eu-s támogatást, hiszen évekbe is telik, mire egy audit azt érvénytelennek találhatja.
További előny lehet az egyes OP-k tárcákhoz rendelésében, hogy így a tárcák a saját fejlesztési ötleteiket házon belül bírálhatják el, a szabályozásokat sokkal inkább magukra tudják szabni. Jó hír lehet viszont a pályázóknak, hogy a magyar sajátosságnak számító közreműködő szervezetek akár el is tűnhetnek a következő időszakban. Ezek a pályázók és az irányító hatóság között lévő hivatalok nem egységesen értelmezték a szabályokat, jogértelmezési problémáik akár az NFÜ-vel lassították a kifizetéseket, döntéshozatalt. Az NGM tájékoztatása szerint a céljuk, hogy a pályázók, vállalkozások minél kevesebb bürokráciával találkoznak. Szükséges a mostani szervezetek rendszerének egyszerűsítése, elképzelhetőnek tartanak akár egy „egyablakos" rendszert is, ahol a pályázók fejlesztési igényeinek megfelelőn tájékoztatást kapnak a számukra elérhető lehetőségekről. A jó szándék értékelendő, a megvalósítás már nehezebb lesz.
Az átalakítások terve azért is kockázatos, mert az új intézményrendszer felállítása után is évekbe telt, míg olajozottan megindultak a kifizetések. További nehézség, hogy zökkenőmentesen biztosítani kellene a központi adatszolgáltatást is, ehhez szükség van egy központi szervre. A kormányhatározat szerint ez a Lázár János vezette Miniszterelnökség alá tartozna, és ide tartozna a szabályozás, az eljárásrendek kialakítása, az informatika, és a központosított kommunikáció.
Furcsaságokat eredményezhet az is, hogy bár az új uniós programozási időszak az új intézményrendszerrel 2014. január elsején startolna, a régi rendszert is meg kellene tartani 2015 végéig. A 2013 végéig megkezdett projekteket ugyanis még két évük van lezárni a nyerteseknek, és az ezekhez a forrásokhoz tartozó intézményrendszert átalakítani nem lenne egyszerű feladat. Ha megváltozik az irányító hatóság, akkor az összes élő szerződést módosítani szükséges, ami igen nagy adminisztratív terhet jelentene. Ráadásul nem csak az NFÜ, hanem a közreműködő szervezetek, mint például a MAG Zrt. munkatársainak fizetését uniós forrásokból fedezik 2015 végéig. Az alkalmazottak 2013 végéig szóló munkaszerződéseit információink szerint az elmúlt hónapokban már 2014 végéig meg is hosszabbították. Így ha továbbra is az unióval szeretnék az alkalmazottak fizetését fizettetni, ahhoz további szerződéseket kell módosítani, és az átalakításokhoz az EU jóváhagyása is szükséges. Egyszer már fel kellett adnia az Orbán-kormánynak a tervezett intézmény-átalakításokat a brüsszeli ellenállás miatt.
Létezik azonban már egy fejlesztéseket koordináló szerv, a Nemzetgazdasági Tervezési Hivatal, ami már egy éve megkezdte működését. Az NGM tájékoztatása szerint már részt is vesz a Matolcsy-minisztérium háttérintézmény a 2014-20-as uniós programok tervezésében. Ezzel erőteljesen meggyengülnek a Németh Lászlóné vezette Fejlesztési Minisztérium (NFM) pozíciói, ahová most az NFÜ tartozik, hiszen a tervezést viszi az NGM, a koordinációt pedig a tervek szerint a Miniszterelnökség. Egy dologról azonban úgy látszik megfeledkeztek a feladatok szétosztásakor: a kormányváltáskor az NFM és az NGM közti kötélhúzás eredményeként az NFÜ-höz kerülte a Kutatási és Technológiai Innovációs Alap (KTIA) is. Emiatt másfél évre le is álltak a támogatások kifizetései, több innovatív vállalkozást hozva nehéz helyzetbe, vagy akár bedöntve.(Akadozó újraélesztés, Figyelő, 2011/20. szám) Remélhetőleg most előrelátóbb tervezés kíséri majd az átalakításokat.
Már csak az lesz a kérdés, hogy mire fordítják a mostani 8.200 milliárd forintnál várhatóan, de mégis tetemes uniós milliárdokat. Matolcsy György a móri II. Kárpát-medencei Gazdasági Fórumon még tavaly októberben kijelentette, hogy gyökeresen megváltozik az európai uniós források elosztása 2014 és 2020 között. Tervei szerint a fejlesztési pénzek nagy részét a vállalkozások kaphatják. Kár hogy ezzel kapcsolatban nem nézett utána a statisztikáknak, ugyanis az NFÜ kimutatásai szerint már ma is a források 42 százaléka közvetlenül a vállalkozásokhoz kerül, az állami projektgazdák közvetítésével pedig 80 százalék felett van ez az arány.
De hogy ki mennyi pénzre számíthat, már egyre inkább kikövetkeztethető. Az uniónak megküldött forrásleosztási elképzelés szerint a következő hét évre jutó várhatóan 5-6 ezer milliárd forintból 60 százalékot gazdaságfejlesztésre, további 10-10 százalékot közlekedési-, energetikai és humán erőforrás fejlesztésre, 7 százalékot a központi régió és Budapest fejlesztésére, 3 százalékot pedig tartalékra fordítana Magyarország. AZ NGM tervei szerint a pénzek odaítélése során elsősorban a magas hozzáadott értéket biztosító termelés és a foglalkoztatás erősítését kell stratégiai célnak tekinteni. Az NGM úgy látja, hogy „az előző időszak egyik nagy tanulsága, hogy mivel nem voltak kellően fókuszálva a programok, ezért a gazdasági növekedést, a foglalkoztatottságot és innovációt nem tudták érdemben növelni." De a források megtérülésében mégsem bízhat annyira a tárca, hiszen kiemelt céljuk az önerő minimalizálása. Ez előnyös a költségvetés szempontjából, de kevesebb projekt megvalósítását teszi lehetővé.