Baka Andrást 2009-ben választották meg a Legfelsőbb Bíróság (LB) elnökévé, hat évre. Megbízatása azonban az Alaptörvény Átmeneti Rendelkezései alapján már 2012. január 1-jén, tehát három és fél évvel mandátumának lejárta előtt megszűnt - a hivatalos indokolás szerint azért, mert az LB „helyébe" a Kúria lépett. Mai döntésében az Emberi Jogok Európai Bírósága (EJEB) azonban kimondta: Baka András megbízatásának idő előtti megszüntetése sérti a tisztességes eljáráshoz való jogot, mert a megbízatását megszüntető döntés ellen nem állt rendelkezésre jogorvoslat. Az EJEB kifejtette továbbá: Baka András megbízatását valójában az egyes jogalkotási lépéseket kritizáló véleménye miatt szüntették meg, nem a Legfelsőbb Bíróságot érintő átszervezés miatt. Így sérült Baka András véleménynyilvánításához való joga is.

Az Eötvös Károly Intézet (EKINT), a Magyar Helsinki Bizottság és a Társaság a Szabadságjogokért (TASZ) már 2011 decemberében jelezte: Baka András elmozdítása mellett semmilyen meggyőző érv nem hozható fel, az sérti a bírói függetlenséget. Tájékoztattuk többek között Viviane Redinget, az Európai Bizottság alelnökét és a Velencei Bizottságot, hogy az LB Kúriává alakítása során a feladatok és hatáskörök tekintetében nem történt olyan érdemi változás, amely szükségessé tette volna Baka András elmozdítását. Kitértünk arra is, hogy az LB elnökének elmozdítására, illetve az újbóli kinevezését kizáró szabályok megalkotására valószínűleg azért került sor, mert Baka András több esetben kritikusan viszonyult egyes jogalkotási lépésekhez. Aggályainkat a későbbiekben a Velencei Bizottság jelentése, az Európa Tanács Monitoring Bizottságának jelentése, illetve a Tavares-jelentés is osztotta.

A három civil szervezet bekapcsolódott az EJEB előtt folyó eljárásba is, azzal érvelve, hogy Baka András megbízatásának megszüntetése jellemző példája a 2010 óta zajló, a jogállamiságot és az alapjogokat sértő, a független intézményeket gyengítő jogalkotásnak.

Beadványaikban bemutatták a jogállamiságot sértő egyes lépéseket, így kitértek:

• az adatvédelmi biztos, az LB alelnöke, az Országos Választási Bizottság tagjai és a GVH alelnökei megbízatásának idő előtti megszüntetésére,
• az egyénre szabott és a visszamenőleges hatályú jogalkotásra (pl. Lex Borkai, Lex Szapáry, Lex Szász, illetve 98%-os adó), valamint
• a bíróságok függetlenségét csorbító egyes jogalkotási lépésekre (pl. az Országos Bírósági Hivatal elnökének ügyáthelyezési jogosítványa).

Az Európai Bíróság alig három hete mondta ki, hogy az adatvédelmi biztosi intézmény és Jóri András megbízatásának idő előtti megszüntetésével Magyarország megsértette az Európai Unió jogrendjét. A mai döntés újabb bizonyíték arra, hogy a „közjogi forradalom" tartalma és módszerei, jelesül Magyarország Alaptörvényének egy-egy rendelkezése nem felel meg az európai követelményrendszernek.