Macedóniával kapcsolatban részben a helyi politikusok felelősségét hangsúlyozta: „A szkopjei kormány továbbra is a macedón nacionalizmust erősítő programokat támogat, akár az ország euro-atlanti csatlakozása kárára is." Hozzátette ugyanakkor, hogy az etnikai feszültségekért az ország EU és NATO-társulási folyamatának megakadása is felelős.

Bár az Európai Bizottság már nem először adott zöld jelzést, Macedónia 2013-ban sem kezdhette meg az EU csatlakozási tárgyalásokat, és a NATO-ba sem hívták meg: Görögország a „névvitára" hivatkozva blokkolja Macedónia tagságát ezekben az intézményekben. A „névvita" lényege, hogy Görögország szerint Macedónia neve megegyezik Görögország legészakabbi régiójának nevével, és Athén szerint ez a névválasztás Szkopje területi igényeit vetítheti előre. Az EU megpróbál közvetítetni a két állam között, de egyelőre kevés sikerrel.

Ráadásul 2013-ban Bulgária is keresztbe tett a macedón csatlakozásnak, azzal vádolva Szkopjét, hogy nem törekszik a jószomszédi viszony ápolására Bulgáriával. Ahogy Görögország esetében, Bulgáriával is évszázados történelmi események és kulturális különbségek-hasonlóságok értelmezése jelenti a poltikai nézeteltérés alapját. (A témáról ide kattintva olvashat részletesebben.)

Macedónia utoljára 2001-ben szerepelt a nemzetbiztonsági kockázatot jelentő országok között. Akkor az ország lakosságának több mint negyedét kitevő albánok a koszovóihoz hasonló gerilla hadműveletekkel akarták saját függetlenségüket kiharcolni, fegyveres konfliktust szítva az állami biztonsági erőkkel. A válságot végül a tárgyalóasztal mellett oldották meg, a kisebségi albánok jogainak jelentős szélesítésével. Cserében a macedóniai albán paramilitáris egységek feloszlottak, számos katonai vezetőjük pedig politikai karrierbe kezdett. Az albán kisebbség DUI nevű pártja azóta több kormánykoalícióban is szerepet kapott.

Ellentétben Macedóniával, Bosznia folyamatosan szerepel a nemzetbiztonsági szempontból problémás balkáni államok között. A meghallgatáson Clapper azt emelte ki, hogy a két entitásból és három államalkotó nemzetből álló Boszniában a bosnyák-, szerb- és horvát vezetők arra törekszenek, hogy politikai értelemben kisajátítsák saját nemzetiségeiket. Az 1995-ös daytoni megállapodásra épülő politikai keretrendszer eltérő értelmezése lehetetlenné teszi, hogy bosznia-Hercegovinában erős központi állami intézmények jöjjenek létre.

Az idén őszre tervezett boszniai választások Clapper szerint nem sokat fognak javítani a helyzeten, „nem valószínű, hogy a különbségeket áthidalnák," így Bosznia Euroatlanti integrációjának folyamata továbbra is messze elmarad a szomszédos országokétól.